بر این اساس و چنان كه سیف العدل درباره اعضای عربستانی القاعده تصریح می‌كند، آنان با حكومت خویش مشكل چندانی نداشته‌اند و هم‌چنان كه درباره بن‌لادن نیز مطرح می‌شود، وی تا پیش از جنگ اول خلیج ‌فارس و حمله امریكا به عراق با حكومت عربستان تعارض و برخوردی نداشته است. در واقع، تئوری‌های سیاسی بن‌لادن تفاوت ماهوی با رژیم سیاسی حاكم بر عربستان ندارد تا از وی یک اپوزیسیون بسازد. از طرف دیگر، چنان كه یسلام‌بن‌لادن، برادر اسامه می‌گوید، اسامه با آن قسمت از هیأت حاكمه عربستان كه هم‌طیف و پیرو ملك‌عبدالله هستند اشتراكات بسیار دارد و نسبت به یكدیگر سمپاتی دارند.(بن لادن،1384:186)
از آن گذشته، اسامه چون به خانواده اشرافیِ «بن‌لادن‌ها» تعلق دارد با برخی از شاهزاده‌های سعودی همكاری بسیار نزدیكی داشته و بدین ترتیب، خود نیز جزئی از هیأت حاكمه عربستان به حساب می‌آمده است. لذا چنان كه بسیاری از نویسندگان نوشته‌اند، اختلاف اسامه با حكومت عربستان به پس از جنگ نخست خلیج ‌فارس و همكاری این كشور با امریكا در آن جنگ بازمی‌گردد.
بن‌لادن در اواخر سال 1989 و پس از جنگ شوروی در افغانستان به صورت عادی به عربستان بازگشت و توصیه‌هایی برای حكومت‌داری به صورت نامه‌ای مفصل، شخصی و محرمانه نزد شاه فرستاد. بن‌لادن پس از تجاوز عراق به كویت به شدت نسبت به آن واكنش نشان داد و طی نامه دیگری كه برای شاه ارسال كرد؛ پیشنهادهایی برای مقابله با ارتش عراق ارائه كرد. وی در آن نامه علاوه بر ارائه تاكتیك‌های گوناگون نظامی، داوطلب شد تمام مجاهدین عرب را برای دفاع از پادشاهی بسیج كند. آن نامه در روزهای نخست جنگ ارسال شد و پاسخ رژیم سعودی آن بود كه موضوع در دست بررسی است. اما با آمدن امریكا به منطقه همه چیز تغییر كرد و آن نامه به طور كامل مورد بی‌توجهی قرار گرفت. بن‌لادن كه از این وضعیت ناراضی بود همیشه این لحظه را تكان‌دهنده توصیف كرده است.

بن‌لادن مخالف نظام سیاسی و حكومت عربستان نیست و به هیچ وجه در پی تغییر حكومت این كشور برنیامده است. او تنها با بخشی از گروه‌های موجود در حكومت اختلاف داشته است كه در جنگ نخست خلیج‌ فارس پای امریكا را به منطقه و عربستان باز كردند و به آن حكومت «كافر» یاری رساندند. بن‌لادن در این زمان فرمان جهاد علیه امریكا را صادر كرد و به انتقاد از حكومت عربستان پرداخت.(خلیل اسعد،1380:ص68)
با وجود این، اختلاف‌های یادشده باعث نشد رابطه القاعده با تشكیلات سیاسی ـ امنیتی عربستان قطع و نوع رابطه آنها خصومت‌آمیز شود؛ زیرا حتی مخالفان بن‌لادن در عربستان نیز پذیرفته بودند كه وی از مهم‌ترین چهره‌های عربستان است كه در خارج از مرزهای این كشور با راه‌اندازی تشكیلات القاعده و ترویج رادیكالیسم سلفی، كمك شایانی به بسط نفوذ حكومت سلفی سعودی در كشورهای اسلامی كرده است، به ویژه برای جوامعی كه دچار فقر فرهنگ دینی هستند. لذا در چنین شرایطی، عزیمت بن‌لادن به سودان در رأس تشكیلات القاعده می‌توانست یكی از خواسته‌ها و مطلوب‌های القاعده و عربستان محسوب شود.
بدین ترتیب، در اوایل دهه 1990، با وقوع جنگ خلیج فارس و فروپاشی اتحاد جماهیر شوروی و به این علت كه نظام بین‌الملل هنوز نتوانسته بود مانند گذشته ساختارهای خود را بازیابد، القاعده تلاش كرد از این وضعیت مبهم برای رسیدن به اهداف خود بهره ببرد. این دوره تا اواسط دهه و تشكیل دولت طالبان در افغانستان به طول انجامید. طی این دوره القاعده به انجام عملیات‌های زیر متهم شده است:

1. 1. بمب‌گذاری در هتل عدن در 20 دسامبر 1992؛

1. 1. تولید سلاح كشتارجمعی در سودان در سال 1993؛

1. 1. بمب‌گذاری در مركز تجارت جهانی در 26 فوریه 1993 كه طی آن شش نفر كشته شدند؛

1. 1. بمب‌گذاری در سومالی در اكتبر 1993 و كشته شدن هیجده سرباز امریكایی؛

1. 1. تأمین مالی سه اردوگاه آموزش «تروریستی» در شمال سودان در 1995؛

1. 1. آموزش چریك‌های خارجی در شمال یمن در 1996؛

1. 1. ترور نافرجام حسنی مبارك در آدیس آبابا در 1995؛

8 . انتشار نامه سرگشاده به ملك فهد مبنی بر از پا ننشستن تا خروج كامل نیروهای امریكایی از عربستان؛

9. 9. كشتن نوزده سرباز امریكایی در بمب‌گذاری ظهران عربستان در سال 1996.(اسماعیلی،1386:ص76)

با انتساب برخی از این اقدامات به القاعده، حكومت عربستان در نهایت مجبور شد در آوریل 1994 تابعیت بن‌لادن را به علت ضربه ‌زدن به منافع «كشورهای دوست و برادر» لغو كند. اما نكته قابل توجه درباره فعالیت‌های القاعده در این دوران، نگاه ویژه ایالات متحده به آن است. واشنگتن در مجموع هیچ‌گاه القاعده و فعالیت‌های آن را مخالف منافع خود ندید و به این علت نه تنها در پی مقابله جدی با آن برنیامد، بلكه به طور مستقیم و غیرمستقیم به حمایت از آن پرداخت. برای نمونه، آنها تلویحاً از حضور القاعده در كارزار بوسنی و كوزوو حمایت كردند و برای ورودشان به جنگ علیه صرب‌ها مانع‌تراشی نكردند. گزارش كمیته حزب جمهوری‌خواه به صراحت نشان می‌دهد دولت كلینتون برای محدودسازی فعالیت سازمان‌های سلفی در زمان جنگ بوسنی اقدامی انجام نداد. این سیاست، در جنگ كوزوو نیز ادامه یافت.
یكی از منابع رده‌بالای نظامی انگلیس در این ‌باره می‌گوید: «اداره اطلاعات دفاعی امریكا با ام‌آی6 وارد گفت‌وگو شد تا برای ارتش آزادی‌بخش كوزوو (كه با القاعده ارتباط داشت) برنامه آموزشی ترتیب دهد». بن‌لادن خود در آن زمان به آلبانی سفر كرده بود. او در رأس یكی از چند گروه اسلام‌گرایی بود كه واحدهایی را به كوزوو فرستاده بودند. وی در سال 1994 عملیاتی را در آلبانی پایه‌ریزی كرد و یكی از فرماندهان نظامی وی نیز واحدی برگزیده از ارتش آزادی‌بخش كوزوو را در منازعات آن كشور رهبری كرد. نكته قابل توجه در این باره اظهارات جو لیبرمن است كه در سال 1999 ایراد شد. وی می‌گوید: «جنگیدن برای ارتش آزادی‌بخش كوزوو، جنگیدن برای حقوق ‌بشر و ارزش‌های امریكایی است» هم‌چنین دولت امریكا و القاعده در حمایت مالی از سازمان ان‌ال‌ای (ارتش آزادی‌بخش ملی مقدونیه) كه با حكومت این كشور درگیر بود، همكاری تنگاتنگی داشتند. این ارتش در حالی مورد حمایت مادی و معنوی القاعده قرار داشت كه از پشتیبانی ناتو نیز برخوردار بود. (شوسودوفسكی،1384:ص65)
امریكا و القاعده در چچن نیز در تعریف منافع خود همسو عمل كردند. شامیل باسایف و خطاب، رهبران اصلی مبارزان چچنی، در اردوگاهی تحت حمایت آی‌اس‌آی و سیا در افغانستان و پاكستان آموزش دیدند. به گفته یوسف بودانسكی، مدیر گروه ضربت ضدتروریسم و جنگ نامتعارف كنگره امریكا، طرح جنگ در چچن در جریان دیدار مخفی برخی سران جنبش‌های اسلامی كه در سال 1996 در موگادیشوی سومالی صورت گرفت، ریخته شد. در این دیدار، اسامه‌بن‌لادن و مأموران بلندمرتبه اطلاعاتی پاكستان، عربستان و دو كشور دیگر حاضر بودند. جنگ‌های چچن سبب تزلزل نهادهای دولتی روسیه شد و نظامی موازی دولت محلی تحت نظارت شبه‌نظامیان در بسیاری از نواحی چچن ایجاد كرد. طی این فعالیت‌ها هم‌چنین فرهنگ وهابیت در منطقه رشد یافت و اصولاً یكی از انگیزه‌ها و شروط عربستان برای كمك به مبارزان چچنی گسترش فرهنگ وهابی در این منطقه بود.
اما روشن‌ترین وجه سیاست خارجی ایالات متحده كه نشان از عدم تقابل اهداف واشنگتن با القاعده در این دوره دارد، حمایت امریكا از برقراری حكومت طالبان، یعنی مأمن و پناهگاه این سازمان، در افغانستان است. البته سیاست خارجی امریكا در قبال افغانستان در این زمان مبهم و دوپهلوست؛ همانند چچن، بوسنی و كوزوو. واشنگتن در عین آنكه به طور رسمی از طالبان حمایت نمی‌كند و حتی كرسی افغانستان در سازمان ملل در دستان برهان‌الدین ربانی قرار دارد و آلبرایت نیز از عدم به رسمیت شناختن طالبان حمایت می‌كند، اما شواهد و روابط دیگر موجود میان امریكا و طالبان نشان از حمایت واشنگتن از این جنبش سلفی رادیكال دارد. برای نمونه، دانا روبچر، از نمایندگان مجلس امریكا، می‌گوید: «حمایت از طالبان همیشه جزء جدایی‌ناپذیر سیاست ایالات متحده بوده و هست. بگذارید اضافه كنم… در پاكستان یک دولت نظامی داریم كه طالبان را تا دندان مسلح می‌كند… بگذارید یادآور شوم كه كمك (امریكا) همیشه به مناطق تحت كنترل طالبان رفته… ما از طالبان حمایت كرده‌ایم، چون تمام كمك‌های ما به مناطق طالبان رفته است و وقتی افرادی از خارج سعی می‌كنند به مناطق خارج از نظارت طالبان كمك برسانند، وزارت خارجه ما مانع آنها می‌شود…».
به هر صورت، پس از سفر رابین رافائل، معاون وزیر خارجه امریكا، به افغانستان و اظهارات وی مبنی بر اینكه به رغم سوء‌ظن بین‌المللی نسبت به طالبان، این جریان باید به عنوان یک جنبش بومی كه قدرت پایداری را به نمایش گذاشته است، به رسمیت شناخته شود، این باور در افغانستان و خارج از آن به صورت فزاینده‌ای تقویت شد كه ایالات متحده امریكا، به ویژه سازمان سیا، ضمن تبانی با سازمان اطلاعات ارتش پاكستان، بانی پیدایش و رشد طالبان بوده است . در واقع، افغانستان نیز مانند چچن محل مناسبی برای انتقال انرژی آسیای میانه و نفوذ سیاسی و اقتصادی امریكا در منطقه محسوب می‌شد؛ به طوری كه طالبان قول داده بود درها را برای ساخت یک خط لوله نفت از آسیای مركزی به افغانستان و پاكستان باز كند. امریكا از این اقدام، سیاست مهار جمهوری اسلامی ایران و برخی دیگر از كشورهای منطقه را نیز دنبال می‌كرد.
خلاصه آنكه القاعده با وجود طالبان و تأسیس آن در سال 1994 به افغانستان بازگشت و توانست تبلوری از اندیشه‌ها و ایدئولوژی خود را در این حكومت نوپا مشاهده و با كمك‌های مالی و نظامی خود آنان را در موقعیت خویش تحكیم كند. این شرایط تا سال 2001 یعنی تا زمان حملات 11 سپتامبر و سپس لشكركشی امریكا به افغانستان ادامه یافت. (افشار،مرکز اسناد انقلاب اسلامی )
5- 6-2- 4 راهبردهای القاعده در راه رسیدن به آرمانهای خود
نشریه اشپیگل به نقل از برخی رهبران ارشد القاعده، مطلبی را به چاپ رسانده است كه مراحل رسیدن به آرمان‌های القاعده و اهداف عملیاتی‌شده آنان را مشخص می‌كند. این مراحل عبارت‌اند از:
مرحله نخست، بیدارسازی، كه از سال 2001 تا 2003 (از 11 سپتامبر تا سقوط صدام) به طول می‌ انجامد. بر این اساس، هدف حمله 11 سپتامبر تحریك امریكا برای اعلان جنگ به جهان اسلام و در نتیجه، بیدارسازی مسلمانان بوده است. استراتژیست‌های القاعده مرحله نخست را موفق ارزیابی كرده‌اند.
مرحله دوم، گشودن چشم‌ها، كه تا سال 2006 ادامه می‌یابد. در این دوره القاعده می‌خواهد «سازمان» به «جنبش» تبدیل شود. آنها در این مقطع بر بسیج مردان جوان سرمایه‌گذاری می‌كنند و عراق باید مركز تمام عملیات‌های جهانی قرار گیرد تا سپاهی در آن ایجاد و پایگاه‌هایی در سراسر كشورهای عربی تأسیس شود.
مرحله سوم كه طی سال‌های 2007 تا 2010 خواهد بود، رزمندگان مستقر در عراق به آمادگی می‌رسند و بر سوریه متمركز می‌شوند. در این مرحله حمله به تركیه و اسرائیل پیش‌بینی شده است و آنها امیدوارند با این حملات مشهور و محبوب شوند. در ضمن، كشورهای همسایه عراق نیز در خطر خواهند بود.
مرحله چهارم، مهم‌ترین هدفی كه در این مرحله، یعنی طی سال‌های 2010 تا 2013 دنبال می‌شود، فروپاشی حكومت‌های منفور عرب است. این موضوع، رشد پایدار القاعده را در پی خواهد داشت. آنها در این دوره هم‌چنین حمله علیه اقتصاد امریكا و لوله‌های نفت را صورت خواهند داد.
مرحله پنجم، كه بین سال‌های 2013 تا 2016 قرار دارد، دوره اعلام «خلافت اسلامی» است. در این دوره اسرائیل بسیار ضعیف می‌شود و حتی می‌توان نظم نوین جهانی را اعلام كرد.
مرحله ششم، در این دوره كه بعد از اعلام خلافت اسلامی قرار دارد، زمان رویارویی مطلق سپاه اسلام با غیر آن در سال 2016 فرامی‌رسد.
مرحله هفتم، این مرحله در سال 2020 با پیروزی مسلمانان و تأسیس خلافت جهانی اسلام آغاز می‌شود. (خادم الشریف،ایران19/شهریور/1384)
ظواهری مراحل رسیدن به مطلوب‌های مورد نظر القاعده را در چهار مرحله به صورت زیر بیان می‌كند:
نخستین مرحله، اخراج امریكایی‌ها از عراق است كه اگر امریكا از الگوی خود در ویتنام پیروی كند، ممكن است با سرعتی بیش از حد انتظار محقق شود.
مرحله دوم، باید در تمام سرزمین‌های سنی‌نشین عراق كه می‌توانند تحت كنترل درآیند، مركز قدرت یا امارت اسلامی تأسیس كرد. این مرحله باید در حین پیكار برای اخراج امریكاییان از عراق صورت بگیرد. ظواهری درباره قدرت یافتن گروه‌های دیگر در عراق هشدار می‌دهد؛ زیرا ممكن است امریكا نوع دیگری از عقب‌نشینی ناگهانی و شتاب‌زده را كه در ویتنام مرتكب شد، تكرار كند و بدین ترتیب، عراق تحت تسلط سازمانی درآید كه سازماندهی مؤثری برای به دست‌گیری اوضاع دارد. این امارت نوپا هم‌چنین باید منتظر حالت جنگ با دشمنی باشد كه می‌كوشد ثبات لازم را برای تبدیل شدن امارت به خلافت از بین ببرد .
مرحله  سوم، پیكار، گسترش دادن جهاد به كشورهای سكولار همسایه عراق است.
مرحله چهارم، نیز كه می‌تواند هم‌‌زمان یا بعد صورت گیرد، درگیری با اسرائیل است.(اسماعیلی،1386:ص113)
نكته بسیار مهم آن است كه القاعده برخلاف سیاست اعلامی خویش كه مبارزه با اسرائیل و امریكا را تبلیغ می‌كند، به علت ویژگی‌های موجود در ایدئولوژی‌اش باید مبارزه را از داخل آغاز كند و نشان دادن دشمن خارجی نیز در واقع روشی برای جذب نیروهای بیشتر از میان جوانان اهل سنت است. القاعده برای نفوذ و تثبیت موقعیت خود در میان مسلمانان ابتدا در پی حذف رقباست؛ چه آنهایی كه با غرب و سكولاریسم تعارض دارند چه آنها كه دارای تعامل هستند. لذا القاعده بنابه ویژگی‌های ایدئولوژیك خود و اقتضائات و لوازم آن، مجبور است مبارزه را از میان مسلمانان آغاز كند و بدین منظور همیشه باید میان آنان قطب‌بندی كند.
6-6-2-4 ارتباط عربستان با تحرکات کنونی القاعده
توفیق العباد” نویسنده سعودی در مقاله ای از طرح جدید مقامات آل سعود برای استفاده از القاعده در انفجارهای تروریستی در داخلی اراضی سوریه، عراق و یمن پرده برداشت .
وی می نویسد: عوامل القاعده به طور گسترده ای در کشورهایی که روابط دوستانه ای با آل سعود ندارند مانند عراق، سوریه و لبنان حضور دارند و مقامات سعودی سعی می کنند از آنها برای تحقق اهداف خود استفاده کنند .
العباد ذکر کرد: القاعده به ابزاری در دست سعودی ها تبدیل شده است زیرا اعضای این سازمان تروریستی در حالی که به تاسیسات زیربنایی عربستان توجهی ندارند تلاشهای تروریستی خود را بر کشورهای دیگر و ایجاد فتنه و آشوب در آن متمرکز کرده اند .
وی بیان کرد: رابطه میان القاعده و وزارت کشور عربستان سعودی در طی بحران سوریه کاملا روشن شد و القاعده در سرزمین شام و لبنان همکاری قوی با سعودی ها دارند و کمک مالی فراوانی از سوی سعودی ها به این تروریستها و آنچه ارتش آزاد سوریه خوانده می شود صورت می گیرد .
این نویسنده سعودی که عنوان مقاله اش سعودی کردن القاعده نام دارد تاکید کرد: حقایق بسیار درباره رابطه محکم میان القاعده و نظام سعودی وجود دارد و هیچگاه دادگاههای اعضای القاعده را علنی نمی کند .
وی می نویسد: آل سعود پرونده  القاعده را موضوعی حاکمیتی و یکی از رازهای بزرگ که مردم عربستان اجازه آگاهی از زوایای آن را ندارند برشمرده است .
العباد ذکر کرد: اعمال مجازات علیه روزنامه الحیات در اگوست 2007 به سبب کشف هویت یکی از رهبران القاعده نشانه روابط پنهانی وزارت کشور عربستان و القاعده است .
وی از روابط پنهان میان مسئولان سعودی و رهبران القاعده  عراق پرده برداشته و این سئوال را مطرح کرده است چگونه ممکن است عربستان حرکت صدها نفر از اعضای القاعده به عراق را رصد نکرده باشد!؟(افشار ،مرکز اسناد انقلاب اسلامی)
7-6-2-4 ریشه های اصلی مبانی فکری القاعده
ریشه های اصلی مبانی فکری القاعده،برگرفته از از ایدئولوژی گروه های رادیکال مصری است که خود این گروه ها اصول فکری خود را از متفکرین سلف گرایی همچون ابن تیمیه ،المودودی ،سید قطب و عبد السلام فرج گرفته اند. عملکرد ،اظهارات و بیانیه ها ی صادره از سوی القاعده و تطبیق آن با اصول فکری متفکرین یاد شده این موضوع را اثبات می نماید. محمد محمودیان معتقد است که القاعده همان سازمان بین المللی جهاد اسلامی مصر است . در واقع سازمان الجهاد مصر به رهبری ایمن الظواهری ،سازمان خود که کادر اصلی آن به خاطر شرایط سخت محیطی در خارج از مصر (بویژه افغاتستان ) زندگی می کردند ،در القاعده ادغام و تشکیلات چند ملیتی القاعده امروز را بوجود آورد. لذا اگر مبانی فکری گروه های اسلامی و سازمان الجهاد مصر را مرور کنیم می توان بیش از هشتاد درصد اصول سیاسی وایدئولوژیک القاعده را بشناسیم. بر این اساس سهم تشکیل دهنده القاعده عبارت است از هشتاد درصد از اندیشه سیاسی –فکری سازمان الجهاد مصر به رهبری ایمن الظواهری و بیست درصد کمک های مالی – لجستیک بن لادن است. همن گونه منتظر الزیات وکیل مدافع سازمان الجهاد و جماعت اسلامی مصری می گوید : الظواهری تحولات ریشه ای و عمیق استراتژیک در اندیشه بن لادن ایجاد کرده بود . وی بن لادن را به اندیشه جهاد انقلابی و جهاد بر علیه طا غوت ها ،ضرورت طرد نیرو های آمریکایی از کشورهای عربی متقاعد ساخته بود. (محمودیان ،1390:ص175و174)